Türkiye'deki gayrimüslimlere yönelik suikastlarla kaos ortamı oluşturmayı hedef aldığı iddia edilen Kafes Operasyonu Eylem Planı'nda Hrant Dink cinayeti için 'operasyon' ifadesinin kullanılması Dink soruşturmasını yürüten savcılığı harekete geçirdi. Cinayeti soruşturan savcı Selim Berna Altay'ın Kafes iddianamesini incelediği ve Dink ailesinin avukatlarıyla görüştüğü öğrenildi. 
 
Ergenekon soruşturması kapsamında tutuklanan emekli binbaşı Levent Bektaş'ta ele geçirilen Kafes Operasyonu Eylem Planı'nda Dink cinayeti için, "Rahip Santoro, Malatya Zirve Yayınevi ve Hrant Dink operasyonları sonrasında, Türkiye'de yaşayan gayrimüslimlerin irticai grupların hedefinde olduğu yönünde kamuoyu oluşmuş, ancak AKP tarafından, karşıt medyanın da desteğiyle, söz konusu olayların Ergenekon tarafından organize edildiği şeklinde yoğun propaganda faaliyetlerinde bulunulmuştur." ifadeleri yer almıştı. Bu ifadeler Dink cinayeti ile Ergenekon bağlantısını gündeme getirmişti.

Bunun üzerine Dink ailesi avukatları duruşmada mahkemeye bu konunun araştırılması yönünde dilekçe vermişti. Dink'in öldürülmesinde suçlunun sadece mahkemede yargılanan sanıklar olmadığı, cinayetten organize bir örgütün sorumlu olduğu iddia edilen dilekçede operasyon ifadesi nedeniyle Ergenekon ile bağlantısının araştırılması istenmişti.

Söz konusu dilekçe Dink cinayetini soruşturan savcı Selim Berna Altay'a ulaştı. Savcı Altay ile birlikte sonradan Dink soruşturmasına atanan ve halen Ergenekon soruşturmasında görevli olan savcı Fikret Seçen, Kafes iddianamesini incelemeye aldı. Savcı Altay'ın geçtiğimiz hafta da Dink ailesinin avukatlarıyla görüştüğü öğrenildi.