İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'nca yürütülen Ergenekon davasının ikinci iddianamesinde; çeşitli tarihlerde toplam 2814 kişinin dini ve siyasi görüşlerine göre kişisel bilgilerinin kaydedildiği ve fişlendiği belirtildi.

Fişlenenler arasında, Cumhurbaşkanı Abdullah Gül'ün yanı sıra Cemil Çiçek, Zeki Ergezen, Murat Başesgioğlu, Ali Babacan, Beşir Atalay, Mehmet Aydın, Hilmi Güler, Abdulkadir Aksu, Kemal Unakıtan, Erkan Mumcu, Mehmet Vecdi Gönül, Recep Akdağ, Ali Coşkun ve Binali Yıldırım, Atilla Koç, Abdullatif Şener, Ertuğrul Yalçınbayır, Sami Güçlü, gibi bakanlar var.

Ayrıca, Adana Milletvekili Ömer Çelik, AKP'nin Genel Başkan Danışmanı Cüneyd Zapsu, İstanbul Milletvekili Egemen Bağış, Dicle Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Fikri C. ve Dicle Üniversitesi Eski Rektörü Mehmet Ü. Ö., Üniversitesi'nde görevli bulunan Prof. Dr. Halil D., Prof. Dr. Ekrem M., Prof. Dr. Recep I., Prof. Dr. Zülküf G., Prof. Dr. Kadri B. ve Prof. Dr. Ömer M. isimlerin yanısıra birçok kurum ve kuruluşta fişleme yapıldığı ortaya çıktı.