Avcı'nın Eskişehir'deki lojmanında yapılan aramada çok sayıda sahte pasaport, nüfus cüzdanı ehliyetin de ele geçirildiği öğrenildi. Avcı'nın evinde yapılan aramalarda kendi resmi kullanılarak farklı bir isme düzenlenmiş bir adet lacivert pasaport, bir nüfus cüzdanı ve bir de sürücü belgesi bulundu. İki savcının nezaretinde yapılan aramaların tamamının kamera ile kaydedildiği bildirildi. Avcı'nın hakkındaki soruşturma nedeniyle söz konusu bu lacivert pasaportla yurt dışına kaçma hazırlığı içinde olduğu iddia ediliyor.

Hanefi Avcı'nın örgüt üyelerine yardım ettiği belgeler ve telefon tapeleriyle ortaya konuluyor. Savcı Kadir Altınışık, yazısında, Avcı'nın örgüt üyelerine yönelik yapılan 'gizli' soruşturmadan haberdar olduğu ve bu kapsamda üyelerin faaliyetlerini saklamalarına yardım ettiği kaydediliyor. Söz konusu yardımın ise üyelere yapılan fiziki ve teknik takibin engellenmesi şeklinde olduğu belirtiliyor. Savcı ayrıca, Avcı'nın örgüt üyelerinin soruşturma kapsamında izlendiklerini deşifre ederek, örgütün illegal faaliyetlerinin ortaya çıkarılmasını güçleştirdiğini vurguluyor. Aynı soruşturma kapsamında tutuklanan ve Avcı ile bağlantılı olduğu belirtilen Necdet Kılıç, ifadesinde Avcı'yı tanıdığını açıklamıştı. Kılıç, Edirne Emniyet Müdürlüğü'nde görevli iken Avcı'nın iki kez evine geldiğini söylemişti.

İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi'nce evinde arama kararı çıkarılan Avcı, gözaltına alındıktan sonra bazı basın kuruluşlarına e-posta yoluyla gönderdiği 5 sayfalık basın açıklamasında suçlamaları reddetti. Tarih ve imza bulunmayan açıklamada, telefonlarının dinlendiğini bilerek kurgu mesaj yazdığını ileri sürdü. Hanefi Avcı, açıklamasında, yasa dışı Devrimci Karargâh örgütü soruşturmasını yürüten İstanbul Başsavcılığı'nda görevli Özel Yetkili Savcı Kadir Altınışık'ı yaptığı işlemlerinden dolayı yazılı olarak Adalet Bakanlığı'na, Hakimler ve Savcılar Yüksek Kurulu'na (HSYK) ve İstanbul Başsavcılığı'na şikayet ettiğini belirtti.

Devrimci Karargâh örgütü ile ilgisi olmadığını savunan Avcı, yazdığı kitap sebebiyle ve asıl sanıkları gizlemek için bu davayla ilişkilendirilmek istendiğini iddia etti. 20 Eylül 2010'da bir Adalet Bakanlığı yetkilisi hakimine ifade verdiğini söyleyen Avcı, bu yetkiliye "Yakında Karargâh Evleri veya Devrimci Karargâh ... diye tahkikata başlayacaklar hatta Necdet Kılıç'ı da gözaltına alacaklar." dediğini aktardı. Kullandığı telefonların bilerek dinlendiğini ve şikayet edince de "yanlış olmuş aşk konuşması imiş" denildiğini ifade eden Avcı, dinleme kararının 07.11.2009'da alındığını ve kendisinin de bunu 14 Kasım 2009'da öğrendiğini söyledi