Operasyonda, 28 Şubat ürünü olan EMASYA (Emniyet, Asayiş, Yardımlaşma) protokolünün uygulandığı ortaya çıktı. Operasyon planlarında yer alan bilgiye göre operasyonu yürüten birlikler, gerektiğinde İstanbul içinde çıkabilecek olaylara da müdahale edecekti. Ümraniye Cezaevi için hazırlanan 'ATMACA' ve 'BORA' isimli planların görevlendirme kısmında, EMASYA'ya ilişkin ipuçları yer alıyor. İstanbul'da yaşanabilecek muhtemel toplumsal olaylara karşı, İl Jandarma Komutanlığı'nın emrine verilen bir taburun hazır tutulması isteniyor. İçişleri Bakanlığı ile Genelkurmay Başkanlığı arasında 7 Temmuz 1997'de imzalanan EMASYA protokolü, askerin gerektiğinde şehir merkezlerindeki toplumsal olaylara müdahalesine imkân tanıyordu. Balyoz darbe planlarına dayanak teşkil ettiği belirlenen protokol, geçtiğimiz yıl yürürlükten kaldırılmıştı.

'Bora' kod adlı planda yapılan görevlendirme kısmında Elazığ Jandarma Komando Taburu'na gerektiğinde İstanbul içinde çıkabilecek toplumsal olaylara müdahale görevi verilmiş. Söz konusu görevlendirmede "Ümraniye Cezaevi'ne müdahalenin asgari bir haftalık özel teçhizat temini ve eğitiminden önce gerçekleşmesi halinde müdahaleye katılmayacak, ilde meydana gelebilecek olası toplumsal olaylar olmak üzere emniyet ve asayiş görevlerinde kullanılacaktır." ifadeleri operasyonun sınırlarının çok geniş tutulduğunu ortaya koyuyor.

Öte yandan 'Bora' ve 'Atmaca' planlarında yer alan bir diğer önemli bilgi de müdahalede Ümraniye E Tipi Cezaevi'nde bulunan 388 PKK'lının tarafsız kalacağına ilişkin. Aynı tarafsızlık beklentisi, 'irticai gruplar' olarak tanımlanan tutuklu ve hükümlü grupları ve adlî mahkûmlar için de geçerli. Dört safhaya ayrılan planın ilk aşaması operasyona katılacak askerlerin 'özel silah' olarak adlandırılan silahların kullanımı için eğitilmesi konusunda ayrılmış. Cezaevi baskınlarından sonra vücutlarının değişik yerlerinden yaralananların yanında, Hacer Arıkan gibi vücudu yanan mağdur mahkumlar da yer alıyordu. Mağdurlar müdahalede askerin kimyasal madde içeren silah kullandığını ileri sürmüştü. Askerin Ümraniye Cezaevi'ne ilk olarak çöp çıkarmak için kullanılan kapıdan gireceğinin anlatıldığı bölümde, "Belirlenen saatlerde çöp kapısından cezaevine girilecek E bloğun tecridi sağlanacak ve müdahale safhasına kadar tecrit devam ettirilecek." ifadeleri yer alıyor. Tecrit ve sızma olarak adlandırılan ikinci safhada adli ve siyasi mahkûmlar arasındaki bağlantının kesilmesi hedeflenmiş. Müdahale olarak adlandırılan üçüncü safhada silahların denge prensibine göre kullanılacağı ve muhtemel tehlikeli durumlarda kararsızlığa düşülmeden derhal sorumluluk alarak en rütbeli askerin müdahale etmesi talimatı verilmiş. Sevk ve dönüş olarak isimlendirilen operasyonun son bölümünde mahkûmların farklı cezaevlerine naklinin yapılması hususu yer alıyor.